Nơi ở tiếp theo của Elizabeth và Henry là Dinh thự Penshurst, dưới sự chăm sóc của Robert Sidney, Bá tước thứ 2 xứ Leicester và vợ là Dorothy. Nghị viện đã chỉ thị cho gia đình Sidney không được làm hư bọn trẻ. Tuy nhiên, Dorothy đối xử rất tốt với Elizabeth. Để bày tỏ sự cảm kích, Elizabeth đã tặng Dorothy một viên ngọc quý từ bộ sưu tập của Vương nữ. Viên ngọc sau này trở thành trung tâm xung đột giữa Dorothy và các ủy viên Nghị viện được bổ nhiệm để giám sát tài sản cá nhân của vị vua quá cố.

Năm 1650, anh trai của Elizabeth, bấy giờ trên danh nghĩa là Charles II, đã đến Scotland để lên ngôi vương tại đây. Để đáp lại, Nghị viện đã chuyển Elizabeth đến Đảo Wight dưới sự giám hộ của Anthony Mildmay với mức lương hưu 3000 bảng một năm. Elizabeth phàn nàn rằng mình không đủ sức khỏe để đi nhưng những mối bận tâm của Vương nữ đều bị phớt lờ.